Оплатить билет на прямую с электронного кошелька Яндекс.Деньги нельзя, т.к. мы принимаем оплату только с банковских карт. Однако Яндекс.Деньги позволяют бесплатно получить "Виртуальную карту Яндекс.Денег" баланс которой будет общим с балансом Вашего Яндекс.Кошелька. Эта карта имеет все необходимое для оплаты через интернет (номер карты, срок действия, CVV-код), а значит Вы можете использовать ее для оплаты билета.
Указанная выше последовательность действий может меняться (актуальна на апрель 2018 года), но смысл остается прежним: "Получаем виртуальную карту, оплачиваем билет".